Primeiramente precisamos instalar, então execute esse comando no terminal:

sudo apt-get install --no-install-recommends gnome-panel

Depois precisamos abrir o programa que cria um atalho no Launcher do ubuntu, execute esse programa:

sudo gnome-desktop-item-edit /usr/share/applications/ --create-new

Logo em seguida o programa será aberto e então você vai preencher com os seguintes valor:
– Nome.
– Comando. (Esse comando você vai apontar para a pasta aonde está o .sh que você executa pelo terminal)
– Comentário. (Caso queira)
– Foto. (Basta clicar na imagem que você pode adicionar a que você deseja)

Fonte de pesquisa: http://www.howopensource.com/2012/10/create-application-launcher-add-icon-to-unity-ubuntu-12-10/