Uma boa parte dos navegadores possuem um processador nativo (menos o Internet Explorer) que transformam uma marcação XML em um objeto DOM.
Em XML caracteres como &, “” , ‘ e < (quando for utilizado para outra finalidade que não seja abertura de tag) devem ser codificados para &amp; &quot; &apos; e &lt respectivamente.
Scripts JavaScript podem conter caracteres ilegais, segundo a sintaxe XML. Se tais scripts forem inseridos diretamente no documento, serão processados e gerarão erro XML. Veja o exemplo:

<script type="text/javascript">
    if (a<8) {
      alert("a é menor que 8");
    }
</script>

A presença do sinal “<” causa um erro XML. Se o documento for servido com DOCTYPE XML simplesmente ele não funcionará. Se for servido como DOCTYPE XHTML ele não será validado.
O uso das seções CDATA em JavaScript resolvem o problema tornando o código invisível para o parser XML e portanto válido. Veja o exemplo:

<script type="text/javascript">
    //<![CDATA[
     if (a < 8) {
       alert("a é menor que 8");
     }
    //]]>
</script>

Se o documento usar um DOCTYPE para HTML não é necessário o uso de seções CDATA pelo fato de HTML não seguir a sintaxe XML.

fonte: Livro JavaScript Guia do Programador (Novatec).