Com a utilização do grunt-ng-annotate você não precisa mais fazer isso:

angular.module("MyMod").controller("MyCtrl", ["$scope", "$timeout", function($scope, $timeout) {
}]);

Basta fazer assim:

angular.module("MyMod").controller("MyCtrl", function($scope, $timeout) {
});

Pois com essa dependência quando der grunt build e minify ele vai gerar de maneira correta.